Kostaryka ze względu na swoje bogactwo flory i fauny nazywana jest Ogrodem Zoologicznym bez krat. Posiada jeden z najbardziej progresywnych systemów parków narodowych na świecie. W jej granicach znajdują się reprezentanci gatunków roślin i zwierząt z obu Ameryk, oraz gatunki typowo endemiczne. Wyróżnia się 160 gatunków płazów, 215 gatunków gadów, 848 gatunków ptaków, 35 tysięcy gatunków insektów, 237 gatunków ssaków, 130 gatunków ryb. Ponadto rozpoznano ponad 10 tysięcy gatunków roślin, co stanowi 4 % wszystkich gatunków roślin na świecie. Liczbę samych orchidei, z których jedna (Guardia morada) jest kwiatem narodowym, szacuje się na 1200. Poza tym wyróżnia się 800 gatunków paproci, 1400 gatunków drzew i 247 gatunków epifitów.
Kostaryka utworzyła system parków narodowych w 1970 roku. Totalny areał powierzchni przeznaczonej pod ochronę wynosi 27 % terytorium kraju i jest rekordem na skalę światową. Składają się na to parki narodowe, parki krajobrazowe, rezerwaty biologiczne, rezerwaty leśne oraz inne rodzaje stref ochronnych. Kostaryka posiada 20 parków narodowych, 9 parków krajobrazowych, 13 rezerwatów biologicznych, 12 rezerwatów leśnych, 1 pomnik narodowy i 25 stref ochronnych. Zamieszkuje je 75 % gatunków kostarykańskiej fauny i flory. Pierwsze kroki ku ochronie przyrody podjęto w 1955 roku, kiedy wydano ustawę o objęciu każdego z wulkanów dwukilometrową otuliną. Pierwszy rezerwat narodowy powstał w 1963 roku (Cabo Blanco). Pierwszy park pojawił się w 1972 (Santa Rosa).
W granicach Kostaryki znajduje się więcej ptaków niż w Ameryce Północnej, Europie i Australii osobno wziętych. Mówi się też, że na jednym drzewie znajduje się więcej chrząszczy niż na jego odpowiedniku w Kanadzie i Stanach Zjednoczonych.
Kostaryka wraz z Panamą posiada utworzony w 1982 roku unikatowy w skali światowej Międzynarodowy Park Przyjaźni (622.000 ha), którego granice w najbliższym czasie planuje się rozszerzyć. Na spółkę z Nikaraguą, nad graniczną rzeką San Juan przewidziane jest też w przyszłości utworzenie Międzynarodowego Parku Si-a-Paz.
